بر اساس اظهارات مقام های ایالات متحده و شورشیان در افغانستان، ملا عمر، رهبر ارشد طالبان در حال اعمال کنترول مستقیم بر عملیات شورشیان در افغانستان است و برای آماده شدن جهت رویارویی با هزاران نیروی اضافی ایالات متحده به فرماندهان این گروه در میدان نبرد دستور حملات را صادر می کند.
تا این اواخر فرماندهی عملیات زمینی بر ضد نیروهای ایتلاف به رهبری ایالات متحده، به عهده ی فرماندهان محلی طالبان  گذاشته شده بود. محمد عمر که رهبری شورای طالبان موسوم به شورای کویته را به عهده دارد،

به انتخاب رهبران طالبان، تامین پول، راهنمایی های مذهبی و مشوره های استراتژیک به جنگجویان متمرکز بوده است. اما به گفته ی مقام های امریکایی و شورشیان طالب، از آغاز سال، ملا عمر از طریق نایب مستقیم اش دستور چندین بمب گذاری انتحاری و ترور را در مناطق جنوبی و شرقی افغانستان صادر کرده است.
یکی از این اهداف احمد ولی کرزی، برادر جوان تر حامدکرزی، رییس جمهور افغانستان بود که از یک حمله ی راکتی بر موترش در 18 می در شرق افغانستان جان سالم بدر برد. قاری سید احمد، یک روحانی میانه رو  در ماه اپریل در بیرون خانه اش در قندهار به ضرب گلوله به قتل رسید. طالبان مسوولیت این حمله را به دوش گرفتند و یک فرمانده متوسط طالبان در جنوب افغانستان در یک مصاحبه تیلفونی گفت این ترور به دستور یکی از نایبان ملا عمر انجام شده است.
در یک حمله ی غیرمعمول، در اواسط ماه می، نزدیک به ده بمبگذار انتحاری اهدافی را در شهر خوست در شرق افغانستان مورد حمله قرار دادند که به شمول بمبگذاران، دست کم دوازده کشته برجای گذاشت و بنا به گفته ی مقام های ایالات متحده، این حمله به دستور شورای کویته انجام شد.
روز یکشنبه ( هفته جاری) یک حمله ی راکتی بر میدان هوایی بگرام در افغانستان دو سرباز امریکایی را کشت و شش تن دیگر به شمول دو فرد ملکی را مجروح ساخت. هیچ کس مسوولیت این حمله را به دوش نگرفت.
یک عضو ارشد شبکه جنگجویانی که توسط گلبدین حکمتیار رهبری می گردد، گفت: " این پاسخ (شورای) کویته به افزایش نیروها توسط اوباما است". وی در مصاحبه ای در شهر پشاور با اشاره به طرح اداره اوباما در مورد اعزام 21 هزار سرباز اضافی در ماه های آتی به افغانستان گفت [شورای] کویته " آماده ی زمین گذاشتن سلاح های خود نیست".
پیش از سال 2001 طالبان در افغانستان به شدت متمرکز بودند اما با حمله ی نیروهای ایتلاف این گروه فورا از هم پاشید و به صورت گروه های پراکنده اما مستقل، از آن زمان به فعالیت بر ضد نیروهای به رهبری امریکا در  افغانستان و نیروهای پاکستانی در شمال غرب پاکستان ادامه دادند. تخمین ها در باره ی شمار نیروهای این گروه (طالبان) مختلف است اما گفته می شود ده ها هزار جنگجو ]عضو آن[ می باشند.
ملا عمر در دهه 1980 بر ضد نیروهای اتحاد جماهیر شوروی جنگیده است؛ طالبان را در سال 1994 بنیانگذاری کرد؛
و در سال 1996 کنترول بخش های بزرگ افغانستان به شمول کابل پایتخت را در دست گرفت.
اما تلاش های تازه ملا عمر و شورای رهبری او برای ایجاد کنترول مستقیم بر نیروهای گروه طالبان، نشان دهنده ی یک مرحله ی مهم و جدید در جنگ هشت ساله افغانستان است. این درحالی است که طالبان در جبهات دست برتر دارند اما در ماه های آتی در دو طرف مرز افغانستان و پاکستان با چالش های بزرگ رو به رو می باشند.
به علاوه افزایش شمار نیروهای ایالات متحده، ارتش پاکستان می گوید، راه اندازی حملات گسترده ای را بر پایگاه های طالبان در وزیرستان جنوبی در نزدیکی مرز افغانستان مد نظر دارند. به گزارش اسوشیتدپرس، روز یک شنبه جت های جنگنده و توپخانه های پاکستان مواضع شورشیان را هدف قرار دادند و دست کم 27 شورشی را به قتل رساندند.
شورشیان می گویند که تلاش محمد عمر در مورد متمرکز ساختن فرماندهی طالبان، شماری از طالبان پایین رتبه را رنجانده است که به صورت بالقوه آن ها را به نیروهای افغان و ایالات متحده بیشتر متمایل ساخته است. ایالات متحده با استناد به تاکتیک مورد استفاده این کشور در عراق، به نیروهای میانه روتر طالبان به هدف کشاندن آنها به سوی پروسه ی آشتی سیاسی افغانستان، روی آورده است.
با این وجود، مقام های ایالات متحده و شورشیان می گویند که حضور مجدد محمد عمر همچنین می تواند منجر به یک شورش متمرکز تر و هماهنگ تر گردد که حتا می تواند تهدید بزرگتر را متوجه نیروهای بین المللی و افغانستان سازد.
هنری ای. کرومپتون یک رییس پشین اداره مبارزه با تروریزم که رهبری آژانس اطلاعات مرکزی امریکا را در سال 2001 و 2002 در افغانستان به عهده داشت،  می گوید: " طالبان همیشه نیروهای وفق پذیر بوده اند. اما به آن ها به خاطر این ویژگی شان اعتبار کافی نبخشیده ایم".
محمد عمر که گفته می شود حدود 60 سال عمر دارد، یک چشم اش را در جنگ اشغال افغانستان توسط ارتش سرخ در دهه 1980 از دست داد. در سال 1994 وی رهبری یک گروه کوچک طالبان مسلح را از مکاتب اسلامی به دست گرفت تا بر ضد خشونت و فسادی که افغانستان را فراگرفته بود، بجنگد.
در ظرف دو سال محمد عمر کنترول کابل، پایتخت و بخش های بزرگ کشور را به دست گرفت. تحت حاکمیت وی، دختران از رفتن به مکتب محروم شدند و تقریبا تمامی اشکال مدرن تفریحی -مانند  موسیقی، فلم و رقص- ممنوع شد.  طالبان به اسامه بن لادن پناه دادند و محمد عمر در پی حملات ایالات متحده به افغانستان در سال2001 به پاکستان گریخت. برای کشتن وی 10 میلیون دالر امریکایی جایزه تعیین شده است. موجودیت شواری به نام مقام های پاکستانی به تقاضای ایالات متحده در مورد اقدام علیه این شورا شانه خالی می کنند. این در حالی است که به گفته ی مقام های امریکایی، واشنگتن اطلاعات و دیگر معلومات حساس را در اختیار شریکان پاکستانی خود قرار می  دهد، اما مقام های اطلاعاتی و نظامی پاکستان می گویند که اطلاعات امریکا جامع نیست.
بر اساس اظهارات مقام های امریکایی، تا این اواخر، این شورا نقش کنترول از راه دور، اعزام پول به فرماندهان طالبان در میدان جنگ به خاطر معاشات و تسلیحات و دریافت کمک ها از بنیادهای خیریه خارجی و افرادی که یک منبع مهم برای تمویل طالبان به شمار می روند، را به عهده داشت.
اطلاعات جاسوسی امریکا می گوید، این شورا در دریافت پول از حامیان ثروتمند عربی اش در خلیج فارس بسیار موفق بوده است، در غیر این صورت این پول ها در اختیار القاعده قرار می گرفت. این وضعیت القاعده را در وضعیت بد مالی قرار داده است. این در حالی است که رهبری طالبان به خاطر کشته شدن ده ها تن از رهبران این شبکه توسط حملات موشکی امریکا در پاکستان در سردرگمی به سر می برد.
بخش عمده ی عناصر طالبان از شورای کویته مستقل باقی مانده اند و یک شعبه از آن هیچ ارتباط عملیاتی با محمد عمر ندارد. شبکه شورشی قدرتمند جلال الدین حقانی و فرزندش سراج الدین حقانی نسبت به ملا عمر وفادار باقی مانده اند اما در انجام عملیات مستقل عمل می کند. آقای حکمتیار که در دهه 1990 با طالبان جنگید، تنها به عنوان یک متحد ضعیف باقی مانده است.
بر اساس اظهارات مقام های اطلاعات امریکایی و شورشیان افغان، شورای کویته دستور جنگی مستقیم به آن ها صادر می کند که می تواند به طور مستقیم آن ها را کنترول کند.
به گفته ی یک مقام دفاعی امریکا " این نقطه ای است که آن ها از آن جا می گویند، از بمب گذار انتحاری استفاده کنید تا یک هدف مشخص را در روز معین این ماه هدف قرار دهند".
یک مقام دفاعی  امریکا گفت: این شورا همچنان در حال توزیع تسلیحات در سراسر مناطق شرقی و جنوبی افغانستان، استخدام نیروی اضافی جنگی و تعیین فرماندهان محلی مسوول در قبال جنگجویان در هر شهر، ولسوالی و روستای افغانستان است.
این شورا همچنان تعدادی از فرماندهان ارشد و آنچه که والیان "خودخوانده" نامیده می شوند را در میدان جنگ جا به جا کرده است، افرادی که به گفته ی مقام های و شورشیان از رهبران ارشد طالبان در ولایات افغانستان به شمار می روند.
به نظر می رسد که تلاش های طالبان توسط دو شخصیت ارشد طالبان رهبری گردد: اولی، ملا برادر، یک رهبر قدیمی طالبان و از اعضای "شورای کویته"  است یک مقام ارشد پشین اطلاعاتی امریکا می گوید: " ما مدت طولانی در تلاش بودیم که او را به قتل برسانیم".
به گفته ی مقام هایامریکای، پاکستانی و شورشیان افغان، دومی ملا ذاکر است که رهبری عملیات نظامی طالبان را در جنوب و شرق افغانستان در دست دارد. آقای ذاکر که نام واقعی اش عبدالله غلام رسول می باشد، توسط نیروهای امریکایی در سال 2001 در افغانستان دستگیر گردید. وی تا هنگام انتقال اش به افغانستان در سال2007، در زندان گوانتانامو در خلیج کیوبا نگهداری می شد. ملا ذاکر به دلایل نام معلوم پس از انتقال اش به افغانستان از سوی مقام های افغان از زندان آزاد گردید.